Οι περισσότερες αναφορές κάνουν λόγο για τουλάχιστον 33 είδη ψαριών που ζουν και αναπαράγονται στα νερά του Αμβρακικού κόλπου, ενώ αλιεύονται άλλα 15 είδη περίπου. Πρόσφατες έρευνες κατέγραψαν τουλάχιστον 80 είδη στον κόλπο και τις λιμνοθάλασσες και ο κατάλογος αυτός συνεχώς μεγαλώνει (http://eeagrants1.amvrakikos.upatras.gr/).

Πολλά νεαρά ψάρια τρέφονται και μεγαλώνουν στα εύτροφα νερά των λιμνοθαλασσών, όπου βρίσκουν κατάλληλες συνθήκες για την ανάπτυξή τους. Λόγω της μεγάλης παραγωγικότητας του κόλπου, μεγάλο ποσοστό των ντόπιων κατοίκων απασχολείται με το ψάρεμα. Στον Αμβρακικό αλιεύονται λαβράκια (Dicentrarchus labrax), τσιπούρες (Sparus aurata), γλώσσες (Solea solea), χέλια (Anguilla Anguilla), κέφαλοι (Mugil cephalus) κ.α. Από το θηλυκό κέφαλο, που οι ντόπιοι ψαράδες αποκαλούν «Μπάφα», παράγεται το αυγοτάραχο. Ο Αμβρακικός είναι γνωστός για την σαρδέλα (Sardina pilchardus), την κουτσομούρα (Mullus barbatus), τη σουπιά (Sepia), αλλά και για τις γαρίδες του, ειδικά για τη γάμπαρη  (Melicertus kerathurus) που αποτελεί παραδοσιακό προϊόν υψηλής αγοραστικής αξίας. Στην περιοχή υπάρχουν ενδημικά είδη του γλυκού νερού που ζουν αποκλειστικά στη χώρα μας, όπως η λουροβελονίτσα (Cobitis hellenica), ο λουρογωβιός (Economidichthys pygmaeus).