Ο Αμβρακικός αποτελεί ένα από τα πιο πολύπλοκα μωσαϊκά υγροτόπων στην Ελλάδα. Οι 20 μικρές και μεγάλες λιμνοθάλασσες, τα λασποτόπια, οι αμμώδεις παραλίες με τις αμμοθίνες, οι αλμυρόβαλτοι, οι εκτενείς καλαμιώνες και οι βάλτοι εναλλάσσονται με υγρόφιλα παραποτάμια δάση, παραδοσιακές καλλιέργειες, λόφους πλατύφυλλων δένδρων και μικρές νησίδες, συνθέτοντας ένα μοναδικό για τα ελληνικά δεδομένα οικοσύστημα.

Σύμφωνα με τα κριτήρια αξιολόγησης της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ, στο Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Αμβρακικού εντοπίζονται 17 τύποι φυσικών ενδιαιτημάτων. Οι περισσότερες λιμνοθάλασσες απαντώνται στο βόρειο τμήμα του Αμβρακικού κόλπου, καθώς έχουν σχηματιστεί από την προσχωσιγενή δράση των ποταμών Αράχθου και Λούρου. Οι μεγαλύτερες από αυτές είναι το σύμπλεγμα «Ροδιά, Τσουκαλιό, Αυλερή», που βρίσκονται δυτικά του λόφου της Σαλαώρας και η λιμνοθάλασσα Λογαρού ανατολικά του ίδιου λόφου. Οι δύο από τις τρεις λιμνοθάλασσες, το Τσουκαλιό και η Ροδιά επικοινωνούν μεταξύ τους, δημιουργώντας ένα σπάνιο για τα ελληνικά δεδομένα διπλό λιμνοθαλάσσιο σύμπλεγμα.