Ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού ιδρύθηκε με τον νόμο Ν. 3044/2002 ενώ ο χαρακτηρισμός της περιοχής για την οριοθέτηση της προστατευόμενης περιοχής με τις ζώνες προστασίας περιγράφεται στο ΦΕΚ Δ’ 123/21-03-2008. Το 2018, ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού μετονομάζεται σε Φορέα Διαχείρισης Αμβρακικού Κόλπου – Λευκάδας (Ν.4519/2018).